Aufruf von Gaussian auf dem Clustersystem
Beschreibung
Gaussian ist ein Programmsystem für Ab-initio-Berechnung von Molekül-Strukturen in der theoretischen Chemie.
Verfügbar auf:
- Clustersystem
Ansprechpartner
- Dr. Gizo Nanava
Inhaltsverzeichnis
- Allgemeines
- Installation von Gaussian auf dem Clustersystem
- Benutzung von Gaussian auf dem Clustersystem
- Dokumentation und Beispiele
1. Allgemeines
Das Rechenzentrum gewährt den Nutzern den Zugang zu Gaussian nach Aufnahme in die UNIX-Gruppe gaussian.
Gemäß der Lizenzvereinbarung ist bei Publikationen von Resultaten, die unter der Verwendung einer bestimmten Version und Revision von Gaussian erzielt wurden, stets entsprechende Referenzen anzugeben. Diese Angaben finden Sie in den Log-Dateien der Gaussian Jobs oder auch online.
2. Installation von Gaussian auf dem Clustersystem
Zur Verwendung von Gaussian ist zunächst das entsprechende Modul zu laden. Mit dem Aufruf von module load gaussian werden alle notwendigen Umgebungsvariablen und Pfaderweiterungen gesetzt. Gaussian ist auf dem Clustersystem im Batchbetrieb verfügbar. Die derzeit aktuellste verfügbare Version ist Gaussian 09 Rev A.02. Eingabe von module avail liefert Information über die vorhandenen Versionen.
3. Benutzung von Gaussian auf dem Clustersystem
Gaussian kann seriell und parallel im Shared Memory Modus auf einem Knoten verwendet werden. Die Anzahl der Kerne pro Knoten wird im Batchskript angegeben:
#!/bin/bash -login
#PBS -N gaussian
# Ressourcenanforderung:
# 1 Knoten, 4 Prozessoren
# 30 Min. Rechenzeit
# 10gb Hauptspeicher
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=00:30:00
#PBS -l mem=10gb
#PBS -o g09job.log
#PBS -j eo
#PBS -m e
#PBS -M ...........@.......uni-hannover.de
# Wechsel in das Working Directory
cd $PBS_O_WORKDIR
# Modul laden
module load gaussian
# Job starten
g09 < input.com > g09job.out
Eingabedatei
Die Programminitialisierung für bestimmte Anforderungen sind für Gaussian erforderlich und stehen in den ersten Zeilen der Eingabedatei.
Anzahl der Prozessoren: %nproc=<nummer>
Angeforderter Speicher: %mem=<nnn>MB
Wenn die Speicherverwaltung Gaussian überlassen bleibt, ergibt sich erfahrungsgemäß ein ausgewogenes Laufzeitverhalten. Ein manueller Eingriff sollte immer erst der zweite Schritt sein. Dabei sollte die Speicheranforderung möglichst gering bleiben. Ist ein Knoten mit 4 Kernen und 8 GB Memory ausgebaut, können Im parallelen Modus mit 4 Prozessen maximal 2 GB pro Prozess angefordert werden.
Beispiel für eine Eingabedatei mit Gaussian Keywords:
%nproc=4
%mem=2000mb
# Gaussian Spezificationen
Weitere Informationen zu diesem leistungsfähigen Programmpaket liefert nach der Initialisierung auch die Onlinehilfe, die mit dem Kommando
ghelp
aufgerufen werden kann.
4. Dokumentation und Beispiele
Auf Homepage von Gaussian finden Sie weitere Informationen.